El Museo Colonial y el Museo Santa Clara han adelantado esfuerzos en los últimos años en torno a la construcción del Plan Museológico, entendido como una herramienta de definición y diagnóstico de la institución, cuyo propósito principal es fundamentar las bases que permitirán determinar la adecuada proyección de los museos, conforme a la misión y visión previamente elaboradas. Si bien la redacción del documento se ha venido realizando desde el año 2012, este proceso recoge avances realizados desde el 2009, fruto del esfuerzo de varios equipos que han trabajado durante el periodo de la última Dirección y de la colaboración de asesores externos especialistas en diferentes áreas.

Este documento en construcción, compila la información necesaria para definir la institución sin basarse directamente en la división por áreas del equipo de trabajo, sino en el funcionamiento real y cotidiano de los Museos, en el que los procesos requieren la intervención de varios agentes a la vez: internos (Dirección, Áreas de Administración, Museología, Curaduría, Museografía, Administración de colecciones, Educación y cultura, Divulgación y prensa y Editorial y biblioteca, y personal de Seguridad y Servicios generales) y externos (entidades del Ministerio –Dirección del Patrimonio, Secretaría General, etc.–, embajadas, secretarías de cultura, museos, colegios, universidades, asesores de otros centros culturales, proveedores, entre otros) con el fin último de realizar una ruta con la cual los Museos se insertan en las tendencias museológicas actuales, trabajando día a día por el cumplimiento de su misión en busca de alcanzar las metas propuestas en su visión.​