El Museo Colonial cuenta con una exp​​osición permanente que da cuenta de los proce​sos socioculturales que se vivieron en los siglos XVI, XVII y XVIII en la Nueva Granada. El guion se construyó a partir de cuatro ejes temáticos enlazados entre sí por el concepto de transformación. La imagen colonial, la experiencia del viaje (tanto transatlántico como al interior del territorio), la conformación de poblaciones y ciudades y la educación son los cuatro ejes principales, cuyo desarrollo desemboca en la propuesta de la última sala, dedicada a las pervivencias del periodo colonial en nuestra sociedad.

Por su parte, el Museo Santa Clara mantiene casi por completo la apariencia y las piezas de la exiglesia del Real Convento de Santa Clara de Santafé, generando así una atmósfera que vincula al visitante con la vida conventual. Quienes visitan este espacio pueden contar con la guía digital de la religiosa Johana de San Esteban, personaje que se conoce gracias a los archivos del monasterio y que cuenta los secretos que esconde el espacio.