Museo Colonial
El Museo Colonial está ubicado en el antiguo Claustro de las Aulas, levantado a comienzos del siglo XVII a partir del diseño de Joan Baptista i, S. J. El edificio inicialmente fue sede del Colegio Máximo de la Compañía de Jesús y desde la primera mitad del siglo XVIII de la Pontificia Universidad Javeriana.   Después de la expulsión de la Compañía de Jesús en 1767, el Claustro tuvo múltiples usos. Aquí sesionó el Congreso de la República en sus primeros años, fue Cuartel Militar, sede del Museo Nacional de Colombia, de la Biblioteca Nacional y, finalmente, sede del Museo de Arte Colonial desde el 6 de agosto de 1942, fecha en que fue inaugurado bajo la presidencia de Eduardo Santos, siendo Ministro de Educación Germán Arciniegas.


  
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​Detalle de uno de los salones (Museo de Arte Colonial). Tomado de Museo de Arte Colonial: Catálogo, Segunda edición, Fotografías de Ernesto Mandowskey y Jorge Montoya (Bogotá: Universidad Nacional de Colombia, 1948), sin página.

 ​ ​Detalle de la entrada a la sala Identidades en juego antes de la Independencia, inaugurada en agosto de 2010 con ocasión del Bicentenario de la Independencia. Fotografía Archivo Museo Colonial.
Las colecciones iniciales del Museo se formaron gracias a la donación de algunas piezas de la colección del Expresidente Eduardo Santos, a la compra de las colecciones Pardo y Argáez y a la colección de arte colonial del antiguo Museo Histórico Nacional. Sus piezas se exhibieron inicialmente en una primera sala dedicada al pintor Gregorio Vásquez y otra a la exposición de la colección comprada a Pablo Argáez. Otras salas exhibieron platería, mobiliario doméstico y eclesiástico, pintura y escultura devocional y retratos virreinales. 
 
Durante la primera década del siglo XXI, el Museo Colonial entró en un proceso de transformación que busca comunicarle al público visitante los procesos culturales sucedidos entre los siglos XVI y XVIII. En este contexto, se ha dado una renovación museológica que abarca tanto su organización administrativa como nuevos planteamientos curatoriales y museográficos, que hacen visible la memoria de lo colonial en Colombia. Durante casi 3 años, el Museo estuvo cerrado al público por preparación para la renovación estructural del Claustro de las Aulas. El 3 de agosto de 2017 reabrió sus puertas con nuevo guion curatorial y museográfico.
Museo Santa Clara
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​Templo Museo Santa Clara Bogotá. Tomado de Luis Alberto Acuña, "Juan de Céspedes: Capitan y Alarife", Boletín del Museo de Arte Colonial, II, 4 (1964), 6.

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El Museo Santa Clara de Bogotá es el único fragmento que queda en pie del que fuera el Real Monasterio de Santa Clara, fundado en 1628 por el arzobispo Hernando Arias de Ugarte. Al monasterio demolido a finales de la primera década del siglo XX, le sobrevive la iglesia. Sus características especiales  son preponderantemente barrocas e interactúan con algunos elementos renacentistas y con los gestos mudéjares observables en la pintura mural, las celosías y el embovedado.
   La iglesia perteneció a la orden de las clarisas hasta que fueron exclaustradas y sus bienes desamortizados en 1863. El templo pasó a manos del Estado y durante diez años estuvo cerrado y casi abandonado. En 1874 fue entregado a la Congregación del Sagrado Corazón de Jesús. La iglesia regresó a las clarisas una vez se firmó el Concordato de 1886, pero los corazonistas la administraron hasta que, en la década de 1970, el Estado colombiano compró el edificio con el objetivo de transformarlo en museo. El 19 de agosto de 1983 se inauguró el Museo Iglesia Santa Clara. En los útlimos años, el Museo Santa Clara ha experimentado una renovación museográfica que ha hecho más accesible al público visitante el acercamiento a su historia y a sus colecciones.