Del mismo modo que las visitas guiadas, los talleres se diferencian por edades: primera infancia, infantiles y juveniles. Cada uno de ellos tiene una dinámica propia de acuerdo a los temas y piezas de la colección que se deseen trabajar. Los museos programan mensualmente talleres en los que se puede participar de forma gratuita.
Talleres de conservación preventiva de bienes muebles: el objetivo de estos talleres es acercar y sensibilizar al público general a las técnicas de elaboración y medidas preventivas para el cuidado y protección de los bienes muebles.
Talleres para docentes: buscan acercar a los profesores de educación primaria, básica y secundaria a las colecciones de los museos y temas históricos del periodo colonial.