Las pinturas, esculturas y retablos del museo, al ser objetos de devoción y culto en un recinto que solía ser sagrado, obedecen a la organización de una iglesia de clausura femenina de la época colonial. La colección del Museo Santa Clara está compuesta por pinturas de caballete, esculturas policromadas, retablos, algunos ejemplos de pintura mural y una bóveda decorada con una amplia cantidad de pentafolias. El Museo cuenta con mobiliario eclesiástico, como el púlpito o las celosías, el cual también forma parte de su acervo patrimonial que se exhibe para el disfrute y aprendizaje de los públicos visitantes.